Mutant-teamet X-Men står overfor store problemer, da en ukendt mutant laver et attentat mod den amerikanske præsident. I offentligheden er der stemning for en stram lovgivning mod mutanterne. Kampagnen er anført af den tidligere general William Stryker, der har helt andre motiver for jagten på mutanterne. Det er nu op til professor Charles Xavier og hans X-Men at sætte tingene på plads.
Professor Charles Xavier ønsker at lægge en dæmper på det had og den frygt, der er for mutanterne, og samler derfor en gruppe, der lærer at bruge deres evner på en god måde og til gavn for menneskeheden – de såkaldte X-Men. Men Xavier er ikke den eneste, der har øje for mutanterne. Den magtsyge Magneto har planer om at tilegne sig verdensherredømmet og har derfor samlet en gruppe mutanter, der skal hjælpe ham godt […]