Lede, skræmte eller dumme magthavere vil gøre det voksende antal mutanter til almindelige mennesker ved hjælp af et nyt stof. Mutanterne vil bestemt ikke helbredes, men hvor Charles Xavier og hans X-Men forsøger sig med dialog og fredelig sameksistens, ser skurken Magneto mutanterne som en overlegen rase, der bør herske over jorden. Det trækker op til endeligt opgør mellem de gode og de onde mutanter.
Mutant-teamet X-Men står overfor store problemer, da en ukendt mutant laver et attentat mod den amerikanske præsident. I offentligheden er der stemning for en stram lovgivning mod mutanterne. Kampagnen er anført af den tidligere general William Stryker, der har helt andre motiver for jagten på mutanterne. Det er nu op til professor Charles Xavier og hans X-Men at sætte tingene på plads.
Professor Charles Xavier ønsker at lægge en dæmper på det had og den frygt, der er for mutanterne, og samler derfor en gruppe, der lærer at bruge deres evner på en god måde og til gavn for menneskeheden – de såkaldte X-Men. Men Xavier er ikke den eneste, der har øje for mutanterne. Den magtsyge Magneto har planer om at tilegne sig verdensherredømmet og har derfor samlet en gruppe mutanter, der skal hjælpe ham godt […]
Den forhenværende hemmelige superagent Bryan Mills tror endelig, at han kan lægge fortiden bag sig og slappe af med sin ekskone, Lenore. Men han må tro om igen, for Lenore bliver myrdet, og Bryan er den hovedmistænkte! Med CIA, FBI og politiet i hælene har Bryan intet andet valg end igen at gribe til sine gamle, beskidte tricks og fange de egentlige gerningsmænd, før de går efter hans datter.