Thomas og de andre overlevende fra labyrinten vågner til en ny og helt anderledes hverdag. Gruppen befinder sig nu i en aflukket bygning, hvor de tilbydes mad og nyt tøj. Samtidig viser det sig, at der bor andre unge, som også har overlevet tilsvarende labyrinter, og som nu ser frem til en bedre fremtid. Men det går hurtigt op for Thomas, at der er noget helt galt, og at deres nye værter har skumle bagtanker. […]
Da Thomas vågner op er han fanget i en kæmpe labyrint med en gruppe andre drenge og kan intet huske, bortset fra nogle underlige drømme om en mystisk organisation ved navn W.C.K.D. Thomas må sammensætte minder fra hans fortid og ledetråde fra labyrinten for at finde frem til sin sande skæbne og dermed en vej ud af labyrinten.
A story set on the offshore drilling rig Deepwater Horizon, which exploded during April 2010 and created the worst oil spill in U.S. history.